A modified protocol for total RNA isolation from forage peanuts

Authors

  • Jônatas Chagas de Oliveira Universidade Federal do Acre
  • Carla Cristina da Silva Universidade Estadual de Campinas
  • Anete Pereira de Souza Universidade Estadual de Campinas
  • Tatiana de Campos Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Keywords:

Total RNA extraction, high yield, high quality, secondary metabolites

Abstract

The development of specific protocols for extraction of high-quality RNA are key advances in molecular techniques for elucidating biological processes and mechanisms. The forage peanut has significant economic value for use in mixed pastures. However, it is difficult to extract high-quality RNA from forage peanuts due to high contents of tannins, polysaccharides, and other secondary metabolites. Here, it is described an efficient method for obtaining high-quality, high-yield total RNA that is usable in downstream transcriptome analysis. This modifications helped eliminate the problems associated with the presence of high concentrations of secondary metabolites in forage peanut leaves, and lacked signs of degradation.

Author Biographies

Jônatas Chagas de Oliveira, Universidade Federal do Acre

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal do Acre (2011) e mestrado em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia pela Universidade Federal do Acre (2015). Tem experiência na área de Genética, com ênfase em marcadores moleculares microssatélites.

Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Minas Gerais (2003), mestrado em Genética pela Universidade Federal de Minas Gerais (2005) e doutorado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Estadual de Campinas (2014). Trabalhou como estagiária do Instituto Agronômico de Campinas no projeto de caracterização de mutações e expressão genética em cafeeiros naturalmente descafeinados, bem como anotação do Genoma Café. No doutorado trabalhou com construção de bibliotecas de cDNA e caracterização de marcadores moleculares, genotipagem e mapeamento em Hevea brasiliensis (seringueira). Atualmente trabalha com bibliotecas de BAC de cana-de-açúcar visando a caracterização genômica de regiões contendo genes de interesse econômico.Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Molecular, Vegetal e de Microorganismos, atuando principalmente nos seguintes temas: marcadores moleculares, sequenciamento, análise e anotação de sequências, mapeamento molecular, expressão gênica, genética vegetal,bioinformática, genômica.

Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas

Anete Pereira de Souza concluiu o curso de Engenharia Agronômica na ESALQ/USP em 1984 e o doutorado em Biologia Celular e Molecular - Universite de Paris XI (Paris-Sud) em 1992. Atualmente é Professor Titular do Departamento de Biologia Vegetal da Universidade Estadual de Campinas, na área de Genética Vegetal. Atua principalmente nas áreas de Genética Vegetal e Biologia Molecular, com ênfase em Mapeamento Genético Molecular, Análise da Diversidade Genética e, Estrutura e Expressão de Proteínas Relacionadas à Fitopatogenicidade.

Tatiana de Campos, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Possui graduação no curso de Ciências Biologicas pela Universidade de São Paulo (2004) e doutorado em Genética e Biologia Molecular, na área de Genética Vegetal e Melhoramento pela Universidade Estadual de Campinas (2009). Tem experiência na área de Genética, com ênfase em marcadores moleculares microssatélites e mapeamento genético. Trabalha na Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária do Acre, onde coordena o Laboratório de Biologia Molecular atuando em estudos de conservação e diversidade genética de plantas.

References

[1] OLIVEIRA, J.C.; CAMPOS, T. Tecnologias em genética molecular para intensificação do uso de amendoim forrageiro em pastagens na Amazônia, In: MENEGUETTI, D.U.O; CARVALHO, C.M.; ZAN, R.A.; SILVA, R.P.M. (Orgs.). Ciência, Inovação e Tecnologia na Amazônia. Rio Branco: Stricto Sensu, 2019, pp. 105-119. Available at: https://sseditora.com.br/wp-content/uploads/Ci%C3%AAncia-Inova%C3%A7%C3%A3o-e-Tecnologia-na-Amaz%C3%B4nia.pdf. Accessed on: 01 dec. 2019.
[2] TERRA, A.B.C.; FLORENTINO, L.A.; REZENDE, A.V.; et al. Forage legumes in pasture recovery in Brazil. Revista de Ciências Agrárias, v.42, n.2, p.305-313, 2019. https://doi.org/10.19084/rca.16016.
[3] EMPRESA BRASILEIRA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA. Balanço Social 2018. http://bs.sede.embrapa.br/2018/balancosocialembrapa2018web.pdf, 2019. Accessed on: 01 dec. 2019.
[4] PAULINO, V.T.; BUENO, M.S.; ABDALLA, A.L. Composição química e compostos fenólicos em Arachis pintoi 'Belmonte'. Archivos de zootecnia, v.61, n.236, p.611-614, 2012. http://dx.doi.org/10.4321/S0004-05922012000400013.
[5] YIN, D.; LIU, H.; ZHANG, X.; et al. A protocol for extraction of high-quality RNA and DNA from peanut plant tissues. Molecular biotechnology, v.49, p.187-191, 2011. https://doi.org/10.1007/s12033-011-9391-9.
[6] OLIVEIRA, R.R.; VIANA, A.J.C.; REÁTEGUI, A.C.E.; et al. An efficient method for simultaneous extraction of high-quality RNA and DNA from various plant tissues. Genetics and Molecular Research, v.14, n.4, p.18828-18838, 2015. http://dx.doi.org/10.4238/2015.December.28.32.
[7] HUANG, C.; PICIMBON, J.F.; LI, H.Q.; et al. An efficient method for total RNA extraction from peanut seeds. Russian journal of plant physiology, v.59, n.1, p.129-133, 2012. https://doi.org/10.1134/S1021443712010074.
[8] JOHNSON, M.T.J.; CARPENTER, E.J.; TIAN, Z.; et al. Evaluating Methods for Isolating Total RNA and Predicting the Success of Sequencing Phylogenetically Diverse Plant Transcriptomes. PloS one, v.7, n.11, p.e50226, 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0050226.

Downloads

Published

2020-06-03

How to Cite

Chagas de Oliveira, J., Cristina da Silva, C., Pereira de Souza, A., & de Campos, T. (2020). A modified protocol for total RNA isolation from forage peanuts . South American Journal of Basic Education, Technical and Technological , 7(1), 683–687. Retrieved from https://teste-periodicos.ufac.br/index.php/SAJEBTT/article/view/3446

Issue

Vol. 7 No. 1 (2020): Edição: jan/abr.

Section

Comunicação Breve